تقسیم یک نمونه از ماده به قطعات به تدریج کوچکتر هیچ تغییری در ترکیب یا خواص کیمیایی آن ایجاد نمی کند تا قطعاتی که از مالیکول های طاق به دست می آیند برسد. تقسیم بندی زیر بیشترین ماده را به بخش های کوچکتر متصل می کند که معمولا با ترکیب اصلی مواد تشکیل دهنده متفاوت است و همیشه با خواص کیمیایی متفاوت است. در این مرحله از تقسیم بندی، رابطه های کیمیایی که اتوم ها را در مالیکول نگه می دارند شکسته می شوند.

اتومها شامل یک هسته طاق با چارچ مثبت محصور شده توسط ابر الکترونی با چارچ منفی است. هنگامی که اتوم ها نزدیک به یکدیگر نزدیک می شوند، ابرهای الکترون با یکدیگر و هسته ها تعامل می کنند. اگر این تعامل به گونه ای باشد که انرژی کل سیستم کاهش یابد، اتوم ها به هم رابطه می دهند تا مالیکول را تشکیل دهند. بنابراین، از دیدگاه ساختاری، یک مالیکول شامل جمع شدن اتوم هایی است که توسط نیروهای ولنتاین نگهداری می شوند. مالیکول های دیاتومیک شامل دو اتوم هستند که به صورت کیمیایی رابطه دارند. اگر دو اتوم همانند معضویکول  اکسیجن (O2) یکسان باشند، آنها مالیکول دو عام هسته ای را تشکیل می دهند، که اگر اتوم ها متفاوت باشند، همانند مالیکول کاربن منو اکساید (CO)، آنها دو قطبی هسته ای را تشکیل می دهند مالیکول مالیکول هایی که حاوی بیش از دو اتوم هستند، مالیکول های چند هسته ای نامیده می شوند، مانند کاربن دای اکساید (CO2) و آب (H2O). مالیکول های پولیمیر ممکن است شامل هزاران اتوم مالیکول باشد.


نسبت تعداد اتوم هایی که می توانند باهم ترکیب شوند به مالیکول ها ثابت می شوند؛ برای مثال، هر مالیکول آب شامل دو اتوم هایدروجن و یک اتوم اکسیجن است. این ویژگی این است که ترکیبات کیمیایی را از محلول ها و سایر مخلوط های مکانیکی تشخیص می دهد. بنابراین هایدروجن و اکسیجن ممکن است در هر نسبت دلخواه در مخلوط مکانیکی وجود داشته باشد، اما هنگامی که جرقه فقط با نسبت قطعی ترکیب شده به ترکیب کیمیایی ترکیب آب (H2O). ممکن است برای همان نوع اتوم ها در نسبت های مختلف اما قطعی ترکیب شوند تا مالیکول های مختلف را تشکیل دهند؛ به عنوان مثال، دو اتوم هایدروجن به طور کیمیایی با یک اتوم اکسیجن برای تولید یک مالیکول آب رابطه می دهد، که دو اتوم هایدروجن میتواند به طور کیمیایی با دو اتوم اکسیجن برای تشکیل یک مالیکول پراکسید هایدروجن (H2O2) رابطه دهد. علاوه بر این، اتومها میتوانند رابطه ایجاد کنند.


با هم در نسبت های یکسان برای تشکیل مالیکول های مختلف. چنین مالیکول ها ایزومرها نامیده می شوند و فقط در ترتیب اتوم ها درون مالیکول ها متفاوت است. به عنوان مثال، اتیل الکول (CH3CH2OH) و متیل اتر (CH3OCH3) هر دو دارای یک، دو و شش اتوم اکسیجن، کاربن و هایدروجن هستند، اما این اتوم ها به روش های مختلف متصل می شوند. همه مواد از واحدهای مالیکولی متمایز ساخته نمی شوند. کلورینید سدیم (نمک معمولی)، برای مثال، متشکل از آیونهای سودیم آیون کلورین مرتب شده در یک شبکه به طوری که هر آیون سودیم با شش آیون کلورین فاصله احاطه شده و هر آیون کلورین توسط شش آیون سودیم فاصله احاطه شده است. نیروهای بین هر سودیم و هر آیون کلورین مجاور برابر هستند. از این رو، هیچ ترکیب مشخصی به عنوان یک مالیکول کلورین آیون سودیم قابل شناسایی نیست. در نتیجه، در کلورین آیون سودیم و در تمام جامدات مشابه نوع، مفهوم مالیکول کیمیایی هیچ اهمیتی ندارد. بنابراین، فرمول چنین ترکیب به عنوان ساده ترین نسبت اتوم، به عنوان یک واحد فرمول - در مورد کلورین ایون سودیم NaCl نامیده می شود.